Saidina Abu Bakar wafat pada 23 Ogos 634 di Madinah iaitu dua tahun selepas menjadi khalifah. Ada dua pendapat mengenai sebab kematian Saidina Abu Bakar. Ada yang mengatakan disebabkan keracunan dan ada pula yang mengatakan Saidina Abu Bakar meninggal dunia secara biasa. Sebelum kewafatannya, Saidina Abu Bakar mengesa masyarakat menerima Saidina Umar Al-Khatab sebagai khalifah yang baru

Saidina Abu Bakar dikebumikan di sebelah makam Nabi Muhammad s.a.w. di Masjid an-Nabawi yang terletak di Madinah.